پژوهشکده ها و پژوهشگاه های جهاددانشگاهی
(25 پژوهشکده و 3 پژوهشگاه- 9 پژوهشکده در قالب 3 پژوهشگاه)
- پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات اجتماعی (پژوهشکده های : علوم انسانی، علوم اجتماعی، علوم توسعه)
- پژوهشگاه علوم سلولی و ناباروری، رویان (پژوهشکده های : علوم سلولی، پزشکی تولید مثل، بیوتکنولوژی تکوینی)
- پژوهشگاه فناوری های نوین علوم پزشکی جهاد دانشگاهی، ابن سینا (پژوهشکدههای: بیوتکنولوژی تولید مثل ،آنتیبادی منوکلونال، نانو بیوتکنولوژی)
- پژوهشکده توسعه صنایع شیمیایی
- پژوهشکده برق
- پژوهشکده توسعه تکنولوژی
- پژوهشکده علوم بهداشتی
- پژوهشکده علوم و فناوری مواد غذایی
- پژوهشکده علوم پایه کاربردی
- پژوهشکده فرهنگ، هنر و معماری
- پژوهشکده گیاهان دارویی
- پژوهشکده محیط زیست
- پژوهشکده مطالعات توسعه
- پژوهشکده تکنولوژی تولید
- پژوهشکده فناوری اطلاعات و ارتباطات
- پژوهشکده برنامه ریزی و توسعه
- پژوهشکده سرطان پستان
- پژوهشکده گردشگری
- پژوهشکده بیوتکنولوژی صنعتی